แม้ความเงียบสงัดภายในถ้ำบ่อยาจะเหมาะสำหรับการปฏิบัติธรรมที่พาจิตวิญญาณสู่ความสงบนิ่ง ทว่าถ้ำแห่งนี้ก็ยังเหมาะกับการเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่คุณห้ามพลาดโอกาสมาเยือนเด็ดขาด เพราะเป็นถ้ำหินปูนที่ได้รับ ยกย่องว่าสวยที่สุดของจังหวัดนครสวรรค์ โดยคุณจะต้องเดินขึ้นบันได 211 ขั้นในระยะทาง 300 เมตรเพื่อไปให้ถึงตัวถ้ำ เมื่อไปถึงแล้วจะพบว่าภายในนั้นแบ่งออกเป็น 3 ช่วงด้วยกัน ได้แก่ ช่วงที่ 1 เป็นที่ตั้งของพระประธานองค์ใหญ่ ช่วงที่ 2 คือทางตันที่อยู่ลึกเข้าไป แต่ตรงนี้จะมีบ่อน้ำทิพย์ที่ชาวบ้านถือว่า เป็นบ่อยาศักดิ์สิทธิ์ ช่วงที่ 3 คือปากถ้ำอันเป็นทางออกอีกทางหนึ่ง ว่ากันว่า ถ้ำบ่อยาในอดีตนั้นเป็นที่อาศัยของสัตว์มากมาย โดยเฉพาะงูจะมีอยู่เป็นจำนวนมาก แต่เมื่อมีคนเดินทางเข้ามาที่ถ้ำแห่งนี้มากขึ้นเรื่อย ๆ สัตว์เหล่านั้นก็พากันย้ายไปอยู่บนเขา เหลือเพียงฝูงค้างคาว นกและแมลงอื่น ๆ ขณะเดียวกันก็มีตำนานเล่าถึงความศักดิ์สิทธิ์ของถ้ำบ่อยาที่เคยมีคนมาไหว้พระหรือปฏิบัติธรรมในถ้ำแล้วได้พบกับงูใหญ่มีหงอน 2 ตนอันเป็นผู้ดูแลดินแดนที่เชื่อกันว่าศักดิ์สิทธิ์แห่งนี้
